Viện CNSH & MT được thành lập theo quyết đinh số 645/QĐ-ĐHTN-TCCB do Hiệu trưởng Trường Đại học Tây Nguyên ký ngày 22/4/2013 căn cứ trên công văn số 2129/BGDĐT-TCCB ngày 4/4/2013 của Bộ Giáo dục & Đào tạo. Trên cơ sở nâng cấp từ Trung Tâm Công nghệ Sinh học Trường Đại học Tây Nguyên.

Cơ sở vật chất hiện nay của Viện được tiếp nhận từ Phòng thí nghiệm Trung tâm thuộc Dự án Giáo dục Đại học II (Thỏa thuận tài trợ số 18/TRIG-TaN ngày 10 tháng 6 năm 2008 giữa Dự án Giáo dục Đại học 2 và Trường Đại học Tây Nguyên) và Dự án Xây dựng Phòng thí nghiệm Công nghệ sinh học và Môi trường (Quyết định số 4283/QĐ-BGĐT ngày 25 tháng 6 năm 2009 của Bộ Giáo dục và Đào tạo).